Hooikoorts wordt veroorzaakt door een allergische reactie op pollen afkomstig van bomen, grassen en planten. Wanneer deze pollen in contact komen met de slijmvliezen van de ogen, neus of keel, reageert het immuunsysteem overdreven en komt er histamine vrij. Deze stof veroorzaakt ontstekingen en irritaties, wat leidt tot de typische hooikoorts symptomen. Omdat pollen microscopisch klein zijn en gemakkelijk door de wind worden verspreid, is het vrijwel onmogelijk om blootstelling volledig te vermijden. Het hooikoortsseizoen begint vaak in het vroege voorjaar met pollen van bomen zoals de berk, els en hazelaar. Later in het jaar volgen graspollen, die doorgaans voor de meest hevige reacties zorgen. Sommige mensen ervaren ook in de nazomer en vroege herfst klachten als gevolg van kruidenpollen, zoals bijvoet en ambrosia.

Erfelijkheid speelt een belangrijke rol bij hooikoorts. Als een van de ouders hooikoorts heeft, is de kans groot dat een kind ook gevoelig is voor pollen. Als beide ouders hooikoorts hebben, is de kans zelfs nog groter. Daarnaast kunnen externe factoren, zoals luchtvervuiling, een verhoogd risico geven op allergieën. De weersomstandigheden beïnvloeden ook de ernst van de klachten. Droge, winderige dagen zorgen voor een hogere concentratie pollen in de lucht, terwijl regen de pollen juist uit de lucht spoelt en tijdelijk voor verlichting kan zorgen.